上海市儿童医院的前身是“难童医院”，由我国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。院名、院址历经变迁，于1954年与上海市儿童保健院合并更名为上海市儿童医院，2003年3月又正式成为上海交通大学附属儿童医院。这里曾经孕育了一批蜚声国内外的儿科专家，是中国现代小儿外科的发祥地之一；是上海交通大学医学院博士点及博士后流动站；先后成为复旦大学上海医学院、第二军医大学、同济大学的教学医院；拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。
      医院仪器设备先进，拥有双排螺旋CT、数字胃肠机、心血管造影仪、1250毫安X线机、血透仪、全自动生化仪、全自动血培养仪、全自动血球分析仪、变态反应检测仪、彩色超声诊断仪、多台多功能进口呼吸机、双壁分帘式早产儿培养箱、新生儿早产护救监护台、进口麻醉机、心脏运动平板机、消化道内窥镜、肺功能机、脑血流仪等，建立了ICU中央监护网络和新生儿重症网络转运系统。
      医院承担“863”、“973”等国家重点攻关项目、国家自然科学基金重大项目，国际合作重大项目，市科委基础研究重大项目，卫生局青年科研基金项目。一批中青年骨干进入市科技启明星计划、上海市卫生局百人培养计划。30多次荣获国家级、部委级和上海市的重大科技成果奖，其中包括国家科技进步奖二等奖三次、卫生部科技进步奖甲等奖三次、上海市科技进步一等奖四次，2000年获得了首届上海市卫生事业管理成果奖，市银蛇奖获得者2人。每年在核心期刊发表论文近百篇，SCI收录10余篇。
     “敢立潮头破巨浪，直挂云帆济苍生”。医院始终贯彻“以病人为中心、以医疗为重点、以质量为生命”的办院宗旨，树立“以病人为中心，以人为本，人性化服务”的服务理念，不断提高医疗及服务质量。